Klan Senju riwayatnya sampai pada Rikudou Sennin, pendiri dunia ninja dan orang pertama yang menguasai Ninjutsu. Putra kedua Rikudou Sennin, yang mewarisi energi raga, kekuatan tubuh, serta energi kehidupan ayahnya ditunjuk ayahnya untuk menjadi pewarisnya dalam menyebarkan perdamaian di dunia. Hal ini terjadi karena putra kedua memilih jalan cinta dan kasih sayang, sementara putra pertama memilih jalan kekuatan dan kekuasaan. Putra pertama yang tidak rela dengan keputusan terakhir ayahnya kemudian membenci adiknya dan berusaha membunuhnya.

Kedua putra tersebut selamat dan memiliki keturunan. Putra pertama memiliki keturunan yaitu klan Uchiha, yang berlambang kipas karena mereka menguasai Katon (Elemen Api), api tetap menyala dengan kipas (uchiwa). Dalam sejarahnya, klan Uchiha adalah klan berdarah yang berlandaskan kebencian demi mendapat kekuatan dan kekuasaan. Kekkei Genkai Sharingan yang mereka miliki dapat diperkuat dengan membunuh orang tercinta dan bahkan keluarga mereka.

Putra kedua memiliki keturunan yaitu klan Senju, yang berlambang banyak cabang karena mereka menguasai berbagai jenis kekuatan ninja sebagai Kekkei Genkai mereka (Senju=seribu jurus),Sage Mode Hashirama Senju Adalah Sege Mode terkuat Yg Pernah Ada Dan Mempunyai Ke Mampuan Menguasai Seluruh Element Dalam Sekejap. Berbeda dengan klan Uchiha, klan Senju adalah klan cinta damai yang berlandaskan pada Tekad Api, yaitu tekad untuk melindungi sesama ninja dan generasi penerusnya agar tidak punah dan terus berkembang melampaui generasi sebelumnya. Klan Senju akan kuat bila mereka bersama-sama, walau secara individual mereka sangat kuat.

Pada perang berdarah antar klan, klan Uchiha dan Senju dianggap sebagai yang terkuat di antara semua klan. Kedua klan itu selalu disewa oleh berbagai negara untuk memperkuat militer mereka, dan kedua klan itu bisa disebut rival. Pada masa itu, mereka memiliki pemimpin klan yang dianggap paling kuat sepanjang sejarahnya, yaitu Madara Uchiha dan Hashirama Senju.

Madara Uchiha adalah pria yang sangat ambisius dan haus kekuasaan. Dia orang pertama yang mendapatkan Eternal Mangekyou Sharingan yang tidak akan buta dan memperpanjang usia, serta dapat mengendalikan Bijuu terutama Kyuubi; semua didapat dengan membunuh orang tercinta dan adiknya sendiri. Sementara Hashirama Senju adalah pecinta kedamaian dan sangat sayang pada pengikutnya. Dialah yang menamai Senju menjadi Mori no Senju (Senju dari Hutan), karena memiliki Kekkei Genkai Mokuton (Elemen Kayu) yang dapat memberi energi kehidupan dengan menciptakan tumbuhan dan dapat pula menekan cakra Bijuu Kedua pria ini adalah rival, keturunan langsung dari kedua putra Rikudou Sennin, berideologi kebencian dan Tekad Api .

Klan Senju yang mencintai kedamaian akhirnya membuat perjanjian damai dengan klan Uchiha. Madara, atas desakan anggota klannya, dengan terpaksa menyetujui perjanjian tersebut. Mereka bekerjasama menundukkan berbagai klan di medan perang, dan kemudian membuat pesetujuan dengan Negara Hi untuk membangun desa Konohagakure, yang mengakhiri perang antar klan. Negara Hi (api) dapat melambangkan Uchiha dan Konohagakure (daun) dapat melambangkan Senju.

Namun yang terpilih sebagai pemegang kekuasaan/Hokage adalah Hashirama, yang membuat Madara dendam ditambah dukungan anggota klannya terhadap Hashirama. Madara, merasa diperbudak Senju, memilih meninggalkan Konoha dan menyatakan perang terhadap Konoha. Hashirama sementara itu, membagikan Bijuu yang dia kumpulkan pada desa lain agar tercipta kesetaraan kekuatan dan sebagai lambang kepercayaan terhadap masing-masing desa.

Beberapa waktu berlalu, Madara ingin menyerang Konoha dengan menggunakan Kyuubi, namun dicegah oleh Hashirama di perbatasan Negara Hi. Pertarungan sengit itu, yang membelah daratan menjadi lembah dan air terjun, berakhir dengan kekalahan Madara, walaupun Madara masih hidup. Hashirama diperkirakan terluka parah dalam pertarungan itu, luka yang akhirnya membuatnya mati di medan perang selanjutnya. Lembah yang tercipta itu dinamakan Lembah Akhir dan dibuat patung Hashirama-Madara untuk mengenang pertarungan dahsyat mereka berdua.

Adik Hashirama, Tobirama Senju, membuat keputusan damai dengan klan Uchiha setelah insiden Madara tersebut. Tobirama kemudian mengangkat derajat klan Uchiha lebih tinggi di desa sebagai salah satu klan pendiri desa Konoha, dengan menjadikan mereka Pasukan Keamanan Konoha. Namun Hokage demi Hokage berlalu; Hashirama Senju, Tobirama Senju, Hiruzen Sarutobi yang dididik oleh kedua Senju, serta Minato Namikaze yang dididik Jiraiya yang anak didik Hiruzen. Semua Hokage yang telah berlalu berhubungan erat dengan Senju dan mewarisi Tekad Api. Klan Uchiha lama kelamaan menyadari hal ini, dan menyadari bahwa tindakan Madara benar. Uchiha sudah menjadi budak Senju, dan mereka telah dijauhkan dari kekuasaan.

Walaupun dalam pandangan Madara Uchiha klan Senju terlihat sebagai antagonis, namun klan Senju tidaklah seperti itu. Hashirama Senju terpilih menjadi Hokage karena kekuatan dan wibawanya dalam membawa perdamaian, melebihi Madara yang haus kekuasaan dan memiliki kebencian. Madara Uchiha terbunuh (atau dikira terbunuh) karena kesalahan Madara sendiri untuk menyerang Konoha. Tobirama membentuk Pasukan Keamanan Konoha bukan untuk melecehkan Uchiha, namun untuk membuat kepercayaan Uchiha. Uchiha dikurung oleh petinggi Konoha karena Madara menyerang Konoha dan karena Danzou yang memerintahkan pengurungan walaupun Hiruzen melawan. Semua alasan Uchiha membenci Senju bukan karena kesalahan Senju.

Sekarang anggota klan Senju hampir pasti hanyalah Tsunade seorang (walau tidak menutup kemungkinan penyembunyian identitas). Bahkan bisa jadi Tsunade bukan bagian dari Senju, apabila ibunya yang Senju dan bukan ayahnya. Kemungkinan besar klan Senju sudah banyak punah karena Perang Besar Dunia Shinobi yang dihadapi Konoha serta Kekkei Genkai unik mereka untuk memiliki satu jurus unik tersendiri per anggota klan menjadikan anggota dapat membentuk klan-klan kecil sendiri.

Anggota Klan Senju yg diketahui:
- Hashirama senju
- Tobirama Senju
- Tōka Senju
- Butsuma Senju
- Tsunade
- Nawaki